L'Assemblée générale et le Présidence de l'IAWR sont composés des présidents et des directeurs généraux des associations membres.

Le Comité de coordination scientifique (Conseil consultatif de l'IAWR) assiste la Présidence et la Direction. Il se compose de représentants des conseils scientifiques des associations membres.

Le comité consultatif de l'IAWR peut créer des groupes de travail ad hoc sur des questions spécifiques dans les domaines de l'analyse, de la biologie ou des questions techniques liées à la politique de l'eau.

Avec la plate-forme analytique de l'IAWR, l'IAWR dispose d'un groupe de travail pour échanger sur les nouvelles méthodes de mesure et les substances nouvelles ou non encore identifiées dans les eaux.

Le mode de fonctionnement de l'IAWR est défini dans des statuts et un règlement intérieur.

"La composition des comités et des groupes de travail est assurée par la collaboration d'experts délégués par les associations membres AWBR, ARW et RIWA-Rhin".